Fenster haben zunächst den Sinn das natürliche Licht in das Bauwerk fallen zu lassen. In der Gotik war man bemüht durch eine ausgeklügelte Architektur mit Stebepfeiler das Mauerwerk gleichsam aufzulösen und durch die bunt und mit Motiven gestalteten Fenster eine Transzendenz im Kircheninneren zu schaffen, eine Ahnung des himmlischen Jerusalems.
Leider sind in St. Wendel keine originalen Fenster des Mittelalters erhalten, jedoch geben die neogotischen Fenster vom Ende des 19. Jh. eine gute Vorstellung von der ursprünglichen Farbigkeit.
Die Fenster im Chorraum wurden Ende des 19. Jahrhunderts, um 1894, von dem Glasmaler Wilhelm Mayr aus Koblenz geschaffen. Dargestellt sind Ereignisse der Heilsgeschichte (Huldigung der heiligen drei Könige, Auferstehung Jesu, die Herabkunft des Heiligen Geistes an Pfingsten usw.). Außerdem sind noch diverse Heilige Dargestellt, darunter Maria, Josef, Wendelinus dargestellt.
Von außen verraten die Fenster nur bei Beleuchtung von Innen in der Dämmerung und Dunkelheit etwas von ihrer Farbenpracht.
Die das Fenster einfassenden Steine sind mit besonderer Sorgfalt gefertigt. Sie stellen gleichsam einen Rahmen für die Fenster dar. Das schwere Material Stein löst sich quasi in den feinen Streben, Rippen und Maßwerk auf. Die in Blei gelegten bunten Glasscheiben erhalten durch die Steinkomponenten Halt.
Eine lange Tradition hat die Stiftung einzelner Fenster durch Privatpersonen oder Institutionen bzw. Organisationen. Diese werden dann oft mit Namen und Stiftungsjahr genannt.
Wechselbeziehung zwischen Innenraum und Fenstern: Die Heiligendarstellungen in den Fenstern des Chores umgeben den Hauptaltar und Wendelinusschrein als Zentralpunkte der Basilika.